公司间借款协议可能存在以下法律风险点。
1. 协议无效导致资金损失风险：例如，A公司套取银行贷款后高利转贷给B公司，双方签订的借款协议因违反法律规定被认定无效，B公司可能拒绝返还借款本金，A公司面临资金无法追回的损失；
2. 诉讼时效风险：若公司间借款协议有效，但债权人未在诉讼时效内主张权利（一般为3年），债务人可能提出时效抗辩，债权人的债权将无法通过法律途径得到强制保护。
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关于公司间借款协议的效力，需结合具体情况判断。
公司间借款协议并非必然有效，存在有效与无效两种可能。
1. 若借款协议内容不违反法律法规强制性规定、双方具备完全民事行为能力且无欺诈胁迫等情形，协议通常有效；
2. 若协议内容违反法律（如套取金融机构信贷资金转贷、以向其他企业借贷或向本单位职工集资取得的资金转贷等），则协议无效；
3. 若签订协议的公司一方或双方无民事行为能力（如未依法设立的公司），协议自始无效。
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公司间处理借款协议时，常存在一些错误操作，需特别注意。
1. 忽视协议无效情形直接履行：部分公司认为只要签订协议就有效，未核查是否存在套取信贷资金转贷等无效情形，导致后续资金无法追回；
2. 证据收集不完整：未留存借款用途证明、资金往来流水等关键证据，在发生纠纷时无法有效证明协议效力或自身主张；
3. 擅自修改协议条款：未经对方同意修改协议核心内容（如借款金额、利率），导致协议效力存疑或引发新的纠纷。
若已出现上述错误操作，建议及时向律师咨询补救措施，避免损失扩大。
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公司间借款协议的效力判定需依据明确的法律规定。
根据《中华人民共和国合同法》第五十二条，公司间借款协议若存在“以合法形式掩盖非法目的”“违反法律、行政法规的强制性规定”等情形，则无效；《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十一条进一步明确，法人之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同，除存在合同法第五十二条及本规定第十四条规定的情形外，当事人主张有效，人民法院应予支持。例如，公司间为正常经营周转订立的借款协议，若未违反其他法律规定，应认定有效；但若协议是为了转贷牟利（如套取银行贷款后高利转贷给其他公司），则因违反强制性规定而无效。

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